古人治疫的方药很多，仅举例于下：
1.豆豉 张石顽说：“香豉为治疫病专药。”
2.柴胡 《药性论》：“主时疾内外热不解。”
3.浮萍 《松峰说疫》：“能发瘟疫之汗者，莫过于浮萍。”
4.寒水石 《别录》：“除时气热盛。”此为咸寒药，主治少阴君火。
5.犀角 吴瑭《温病条辨》化斑汤方论注：“主治百毒蛊疰，邪鬼瘴气，取其咸寒，救肾水，以济心火，托斑外出，而又败毒辟瘟也。”
6.金银花 《重庆堂随笔》：“清络中风火实热，解瘟疫秽恶浊邪。”
7.大青叶 《本草正》：“治瘟疫热毒发狂，风热斑疹…凡以热兼毒者，皆宜蓝叶捣汁用之。”《别录》：“疗时气头痛，大热，口疮。”
8.青黛 《开宝本草》：“主天行头痛寒热。”
9.白头翁 《本经》：“主温疟狂易寒热。”
10.绿豆 《松峰说疫》：“绿豆甘寒亦清热解毒之品，兼行十二经，祛逐疫毒，无微不入。”
11.芒硝 《药品化义》：“主治时行热狂。”
12.威灵仙 《开宝本草》：“主诸风，宣通五脏…久服之，无瘟疫虐。”
13.苍术 李时珍说：“张仲景辟一切恶气，用苍术同猪蹄甲烧烟，陶隐居亦言术能除恶气，弭灾疹。故今病疫及岁旦，人家往往烧苍术以辟邪气。”张山雷说：“苍术，气味雄厚，较白术愈猛，能彻上彻下，燥湿而宣化痰饮，芳香辟秽，胜四时不正之气，故时疫之病多用之。”《验方新编》以“苍术末，红枣，共捣为丸如弹子大，时时烧之，可免时疫不染。”《松峰说疫》掌中金方治瘟疫就是以苍术为君，配合姜、白矾而成。
14.木香 《本经》谓“辟毒疫”。
15.蜀椒 《雷公炮制药性解》谓“堪辟瘟疫”。
16.石膏 《疫疹一得》说“非石膏不足以治热疫”。
17.大黄 《辍耕录》说“大黄洵治疫之妙品”。
18.乌药 《本草拾遗》说治“天行疫瘴”。
19.槟榔 《本草纲目》说“御瘴疠”。
20.贯众 《别录》说“凡大头瘟疫肿连耳目，用泄散而不应者，但加入贯众一味，即邪势透泄而热解神清。”《本草经疏》说“疫气发时，以此药置水中，令人饮此水则不传染”。
21.降香 《海药本草》说“主天行时气”。
22.地龙 《本草拾遗》说“疗温病大热，主天行诸热”。
23.人参 正气存内，邪不可干。阳气大虚，非人参不可。古人常常用补气药以御瘟疫，如由人参等16味药组成的神仙百解散，“常服辟瘟疫”。人参败毒散也治瘟疫。
24.升麻 《本经》说“主解百毒…辟瘟疫。”
25.麻黄 李时珍说：“麻黄乃肺经专药…实为发散肺经郁火之药。”因此古人用麻黄等发散肺经郁火以防疫，如《日华子本草》谓麻黄“御山岚瘴气”。《圣济总录》“辟瘟疫不相传染”的方剂绝瘴散就是以麻黄为君药。
26.麻油 《串雅内外编》说“凡人瘟疫之家，以麻油涂鼻孔中，然后入病家去，则不相传染；既出，或以纸捻探鼻深入，令嚏自方为佳”。
27.甘草 《本草图经》说：“甘草能解百毒，为众药之要。”
28.雄黄 《验方新编》说：“雄黄研细末，水调，多敷鼻孔中，与病人同床，亦不传染，神方也。”《医方简义》的避瘟丸，由雄黄、鬼箭羽、丹参、赤小豆组成，服之“可不染瘟疫”。《圣济总录》雄黄丸“辟瘟疫不相传染”。并说，“凡时行瘟疫，皆四时不正之气，感而病者，长少率相似。此病苟不辟除，多致传染。宜有方术，预为放之。”
29.《活人》败毒散（羌活、独活、柴胡、前胡、川芎、枳壳、桔梗、茯苓、薄荷、甘草）治时行疫疠。一方加人参。
30.荆防败毒散治时疫。
31.《瘟疫论》的达原饮。
32.《伤寒瘟疫条辨》的升降散。
